O rio Araranguá nasce com o nome de rio da Pedra no Parque Nacional da Serra Geral, no estado do Rio Grande do Sul. Nasce nos campos acima da serra, mas em vez de correr para o interior, como a maioria dos rios que nascem nesse local, ele corre em direção ao mar.
O rio Araranguá atravessa o município de mesmo nome, sendo sua foz próxima ao Morro dos Conventos. Após a área urbana, o rio se torna caudaloso, com uma profundidade média de 10 m (a maior profundidade é de 18 metros (atrás da rodoviária) e percorre ainda quase 38 Km até a foz. Apesar da poluição, ainda é realizada pesca com tarrafas e antigamente com a ajuda dos botos, que cercam os cardumes.
O rio Araranguá também é um dos únicos rios do Brasil a mudar sua coloração, de forma similar ao Rio Nilo, ora esverdeado ou azulado.